Era de familia hidalga; estudió Humanidades en Huesca, y Medicina en la Universidad de Alcalá entre 1553 y 1559. Residió en varias ciudades españoles: Huesca, de donde se cree fue regidor, Granada, Baeza (de la que Felipe II le hizo médico vitalicio en 1566 y cuyo Concejo lo contrató para tratar la peste de 1571) y Linares, donde se compró una casa. Casó con Águeda de Villalba, de la que tuvo siete hijos; cuatro hijas y tres hijos; Está enterrado en la iglesia de Santa María de Linares.
Escribió un famoso Examen de ingenios para las sciencias (Baeza, Juan Bautista de Montoya, 1575), cuya impresión tuvo que pagarle el Conde Garcés a causa de los cortos medios económicos de su autor. Su éxito fue tal que se reimprimió en España cuatro veces más antes de acabar el siglo XVI: Pamplona, 1578; Valencia, 1580; Huesca, 1581 y la expurgada de Baeza en 1594. Durante el siglo XVII fue publicado en Alcalá (1640), Madrid, 1668, Bilbao, Logroño, Medina del Campo y Granada. Y mucho mayor fue su éxito todavía a escala europea: lo tradujo al latín, lengua científica de la época, y fue traducido al francés, al italiano, al inglés, al alemán y existen otras muchas ediciones en otros idiomas, hasta sobrepasar las cincuenta.
Se trata de una obra precursora de tres ciencias: la psicología diferencial, la orientación profesional y la eugenesia (que defiende la mejora de los rasgos hereditarios humanos). También hace interesantes aportaciones a la neurología, pedagogía, antropología, patología y sociología. En ella se propuso mejorar la sociedad seleccionando la instrucción adecuada a cada persona según las aptitudes físicas e intelectuales derivadas de la constitución física y neurológica específicas de cada una.
Considerando cuán corto y limitado es el ingenio del hombre para una cosa y no más, tuve siempre entendido que ninguno podía saber dos artes con perfección sin que en la una faltase y, porque no errase en elegir la que es natural estaba mejor, había de haber diputados en la República , hombres de gran prudencia y saber, que en la tierna edad descubriesen a cada uno su ingenio, haciéndole estudiar por fuerza la ciencia que le convenía y no dejarlo a su elección, de lo cual resultaría en vuestros estados y señoríos haber los mayores artífices del mundo, no más de por juntar el arte con la naturaleza.
Para ello estudió los diferentes temperamentos humanos desde la teoría de los cuatro humores, y propuso qué oficios o estudios cuadraban más a cada uno, y hace además una clasificación de los saberes de gran trascendencia ulterior. Utiliza un gran número de fuentes, fuera de la observación clínica y la experiencia médica del autor: Hipócrates y Galeno entre los médicos; Platón, Aristóteles, Cicerón y otros filósofos; y clásicos como Horacio, Demóstenes y otros, aparte de, como era natural,
Pero la obra tuvo problemas bastante mayores con la Inquisición; fue perseguida a causa de sus teorías sobre la concepción y fue prohibida en Portugal (1581) y en España (1583); figura en el Index del año siguiente, si bien circulaban bajo cuerda ediciones clandestinas no autorizadas y en español que venían de Leyden, Amberes y de Amsterdam.
Se permitió sin embargo que circulase por el mundo hispánico una edición expurgada de los pasajes polémicos (Baeza, 1594).
La obra influyó en el diseño de los caracteres de algunos personajes de ficción, como los principales de Miguel de Cervantes en su Don Quijote de la Mancha , al que puso el significativo epíteto de ingenioso, y en El licenciado Vidriera; también es más que posible su influjo en el dramaturgo isabelino inglés Ben Johnson.
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